GAO报告称，美国农业部曾预计每年亚洲锈病带来的经济损失可能高达20亿美元，但是2005年种植户几乎没有受什么损失，因为天气状况及其它因素并不利于亚洲锈病真菌的传播。虽然2005年损失甚微，但是锈病仍对美国大豆行业构成巨大的威胁，具体威胁程度则取决于锈病爆发的严重性及规模性。
GAO称，美国农业部在帮助农户防范锈病方面做的非常成功。但是GAO对美国农业部决定把大部分操作责任从USDA总部转移到一所大学的作法表示怀疑。这份报告说，GAO担心USDA缺少明确的行动计划，即项目责任如何制定及管理，才能限制亚洲锈病真菌今年对大豆作物的破坏。美国农业部一位发言人称，将由北卡罗莱纳州立大学管理这一项目，但强调说还有许多州和大学也参与其中。
美国农业部长迈克·约翰斯对GAO的担忧做出了回应，他在一封信内详细解释了把行动方案交由北卡罗莱纳州立大学的事宜。约翰斯部长称，美国农业部作出这一决定并不是为了推卸责任，相反，这样可以更准确的反映出2006年协调管理及资金机制。
多年来美国科学家并没有投身于研究一种抵抗锈病的大豆品种，因此农户目前要依赖杀真菌剂来保护大豆作物。甚至在亚洲锈病真菌于2004年11月首次出现美国之前，各州及联邦官员就向美国环保署申请杀真菌剂，目前已获得批准的杀真菌剂足以帮助种植户应对紧急情况。当时，只有瑞士先正达公司的杀真菌剂产品得到EPA的完全批准。
截止到2005年12月份，EPA已经批准了20种用于防治亚洲锈病真菌的杀真菌剂。但是农户还需要杀真菌剂的应用指导。GAO表示，就这一方面而言，美国农业部在2005年的工作做得不够完善。
GAO的报告说，为了完全的控制亚洲锈病真菌，种植户必须在适当的时候用合适的装置正确使用杀真菌剂。杀真菌剂喷洒过早会提高生产成本，药效会在大豆作物感染锈病真菌时减退。但是如果喷洒过晚，那么锈病真菌就会进入无法控制的阶段，一些大豆作物将会受损。
为了监测亚洲锈病真菌并提供预警系统，美国农业部去年种了数百块试验田，监测亚洲锈病孢子。从25个州的监测情况来看，美国农业部这一方法非常有效。
