草案规定，禁止在重金属等有毒有害物质超标的区域生产、捕捞、采集食用农产品和建立农产品生产基地。禁止向农产品产地排放或者倾倒超过国家规定标准的废水、废气、固体废物和有毒有害物质。用于农业生产的污水和固体废物，应当经过无害化处理，并符合国家规定标准。农产品生产者应当合理使用农业投入品，防止对农产品产地造成污染。
草案明确农产品污染事故的处理措施，“因排放或者倾倒废水、废气和固体废物，或者因违反规定使用农业投入品，造成农产品产地污染事故的，县级以上人民政府环境保护主管部门或者农业主管部门应当及时调查处理。”
草案同时明确相关法律责任，“向农产品产地排放或者倾倒超过国家规定标准的废水、废气、固体废物和有毒有害物质的，依照有关环境保护法律、行政法规的规定处罚；造成损害的，依法承担赔偿责任。”
草案要求对农产品生产区域实行分类管理。根据农产品品种特性和大气、土壤或者水域的有毒有害物质状况等，草案将农产品生产区域分为适宜生产区、限制生产区和禁止生产区。
根据草案规定，县级以上地方人民政府农业主管部门应当结合农产品生产区域划分，推进无公害农产品标准化生产综合示范区、养殖小区、示范农场、无规定动植物疫病区建设。
