被免征铁路建设基金的大宗农产品包括目前国内的期货品种——大豆、豆粕、玉米、棉花等。征收铁路建设基金将增加大宗商品的运输成本，从而对价格以及商品运输等造成影响。
在2002年4月1日，当时的国家计委发布通知，取消了对经铁路运输的稻谷、大米、小麦、面粉、玉米、大豆，以及皮棉、籽棉铁路建设基金的征收，同时全额免征了对福建、安徽、浙江、贵州四省的铁路地方建设附加费；2003年3月1日，当时的国家计委再次发布通知规定对经铁路运输的豆粕征收的铁路建设基金实行全额免征。
当时的国家计委在上述两项通知中规定减免措施执行期限暂定至2005年底，考虑到铁路建设和还贷任务繁重，无特殊情况，2005年之后将不再出台类似减轻铁路建设基金的政策。
的官员表示，免征的期限将继续延长，不过具体延长到什么时候目前还没有明确的规定。
在1月6日召开的全国铁路工作会议上，铁道部称2005年仅取消粮食运输建设基金一项就使铁路少收入了60多亿元。
国家免征铁路建设基金主要的目的是降低农产品的运输成本，促进农产品的流通。2002年和2003年取消粮食和豆粕等农产品的铁路建设基金对当时的市场价格产生了一定的影响。北京振华农产品中心副主任王军表示：“继续取消农产品的铁路建设基金可以减少中间费用。”
中国大豆网总经理刘兆福告诉《第一财经日报》：“继续取消农产品的铁路建设基金的征收对于减少农产品运输的中间成本，促进流通有很大的好处。如果铁路建设基金重新征收，每吨大豆最多将增加100多元的运输成本，将阶段性的降低大豆的收购价格。因为国产大豆的价格和进口价格比价是固定的，在国际市场价格相对不变的情况下，国内的运输成本增加，贸易商必然降低大豆的采购价格。”
