据悉，该《议定书》是转基因生物进出口方面颇为严格的国际性法律框架。绿色和平组织认为，它在中国的生效将有助于这个粮食和人口大国提高转基因生物的安全管理水平。
媒体对于转基因，尤其是转基因稻米的特别“关照”，是因为稻米作为中国人主粮的特殊地位——中国人人体热量的1/3由米饭供应，中国1/3的粮食耕地种的是稻米，有超过一半的中国农民从事稻米生产。专家曾算出一笔账，转基因水稻可以使农民少用80%%的农药，增产6%%—8%%，农民每公顷平均增收676元。如果中国90%%的地区种植转基因水稻，将为社会每年创造370亿元人民币左右的福利。所以也有人同时提出，转基因作物使农民可以减少投入，提高产量；公司可以获取利润；消费者可以低价获取商品。
对此，马天杰则持否定的态度。首先，农民一旦种植转基因作物将面临需要支付高额的转基因专利费；其次，在价格方面，转基因农作物也没有特别优势。马天杰以美国转基因大豆为例，由于美国农业方面的补贴，因此美国转基因大豆比普通的大豆便宜10%%左右。但是消费者对这种产品进行消费，不仅在口感和营养方面没有获得更高的利益，反而会承受的安健康受到威胁的风险。因为直到现在，转基因产品的安全性仍未被证实。
2005年4月和6月，绿色和平组织向国内外媒体发布了两份调查报告。报告显示，2005年2月到6月间，绿发现没有经过安全审批的转基因水稻已经在种子市场上非法售卖，某些地方已经种植了两三年，并已流入湖北、广东等地的大米批发和零售市场。
更重要的是，转基因稻米的混入影响到中国和欧盟、日本等经济体的贸易。“欧盟和日本都对中国出口大米加强了检测，给农业部带来了很大的压力。”据专家介绍，虽然中国稻米出口量不大，但欧盟对转基因食品控制极为严格，从1999年开始就禁止在欧盟市场上出售任何转基因产品，此政策一直到去年才有所松动。
据悉，转基因水稻风波始于2004年年底。当时国家农业转基因生物安全委员会的一次例行会议受到了国内外媒体的非同寻常的关注——三个转基因水稻品种在此次会议上提交了商品化推广的申请。有媒体称，“如果获得农业部的许可，转基因大米可能于明年摆上中国人的餐桌”。
目前有人统计，2004年用于转基因生物研究的资金达到16.47亿元，其中，用于转基因水稻研究的资金近1/3。
